В составе ГБУЗ НСО "Гинекологическая больница № 2" развёрнуто три отделения на 60 коек каждое: отделение патологии беременности, оперативное отделение, отделение лечения воспалительных заболеваний, работающие  в  круглосуточном режиме.
   Функционирует дневной стационар на 10 коек, работающий в две смены, для лечения пациентов, не требующих круглосуточного пребывания.
   В структуру учреждения входят также приёмный покой, клинико-диагностическая лаборатория, больничная аптека, физиотерапевтический кабинет, два кабинета ультразвуковой диагностики, два операционных блока с палатами интенсивной терапии, вспомогательные помещения.
   В 1-м отделении патологии беременности оказывается медицинская помощь при осложнениях беременности в сроке до 11 недель 6 дней, а также проводятся прерывания беременности по желанию до 12 недель беременности.
   Во 2-м оперативном отделении оказывается медицинская помощь пациентам с гинекологическими заболеваниями, требующими оперативного лечения (при опущении половых органов, при наличии доброкачественных образований матки и придатков, при внематочной беременности, при аномальных маточных кровотечениях, при заболеваниях шейки матки и др.).
   В 3-м отделении лечения воспалительных заболеваний проводится, как консервативное, так и оперативное лечение гинекологических воспалительных заболеваний (эндометрит, сальпингоофорит, абсцессы бартолиниевой железы и др.